短密木霉降解咪唑乙烟酸候选基因的筛选

摘要:为探明短密木霉(Trichoderma brevicom pactum)降解咪唑乙烟酸的分子机制,通过转录组学和蛋白质组学数据整合分析筛选降解咪唑乙烟酸的候选基因。结果显示:以500mg/kg咪唑乙烟酸驯化后的短密木霉为材料,分别在基础培养基和以咪唑乙烟酸为单一碳源的培养基中培养至降解效率最高的第7天,在转录组学中差异表达的基因1329个,其中上调703个,下调626个。用ITRAQ进行蛋白质组学分析,共鉴定到21883条肽段和4003个蛋白质。关联分析中,鉴定出24个在转录组和蛋白质组中均差异表达的基因,其中14个基因上调,10个基因下调。定量蛋白质和基因的表达关联系数为-0.0472,显著差异蛋白质和显著差异基因表达关联系数为-0.1420,蛋白质和表达变化趋势相同的基因关联系数为-0.7413,蛋白质和表达变化趋势相反的基因关联系数为-0.7916。关联分析鉴定的24个基因中,有2个基因具有功能注释,分别为TBU3981A(NCBInr:绿色木霉Gv29-8糖苷水解酶16家族部分mRNA)和TBU1425A(NCBInr:HEX-1),可作为降解咪唑乙烟酸的候选基因。

关键词:
  • 短密木霉  
  • 咪唑乙烟酸  
  • 转录组  
  • 蛋白质组学  
  • 关联分析  
作者:
刘晴; 刘宇彤; 邓世林; 鲍彤; 董爱荣
单位:
东北林业大学林学院; 哈尔滨150040
刊名:
华中农业大学学报

注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社

期刊名称:华中农业大学学报

华中农业大学学报由华中农业大学主办,华中农业大学主管的学术刊物,国内刊号为:42-1181/S。创办于1956年,双月刊,在全国同类期刊中发行数量名列前茅。其主要栏目有:特约综述、果实风味形成与调控专题、资源与环境、动物科学·动物医学、食品与农业工程等。