2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶的生物信息学分析

摘要:目的利用生物信息学方法分析预测2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶(Glucosamine 6-phosphate deaminase,NagB)的性质、结构与功能等信息。方法利用DNAStar、ProtParam、PredictProtein、PSORT、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X和ClustalX等在线分析软件对2型猪链球菌中的NagB理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构及活性中心等进行分析。结果 NagB由378个氨基酸残基构成,无信号肽及跨膜区,是稳定的亲水性胞浆蛋白。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主分别占46.30%和32.28%,三级结构模拟显示其为典型的二聚体结构,单体的活性中心可能由Ala52、Ser55、Arg106、Ser107、Ser110、Phe164、Met166、Glu242、Val364、Asn365、Arg366、Val367、Val368等多个核心氨基酸构成。结论生物信息学预测NagB含有2个SIS功能结构域(34-190aa;210-358aa),涉及磷酸糖的异构酶功能,NagB的特征信息为进一步研究其在S.suis 2生长增殖以及致病过程中可能发挥的作用奠定了基础。

关键词:
  • 2型猪链球菌  
  • 生物信息学  
作者:
钱思彤; 王一男; 龚秀芳; 丁晨曦; 胡丹; 艾乐乐; 王长军
单位:
徐州医科大学药学院; 江苏徐州221004; 中国人民解放军东部战区疾病预防控制中心
刊名:
中国病原生物学

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期刊名称:中国病原生物学

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