21世纪以来，出版从纸质向数字加速转型，医学期刊亦是如此，非常重视期刊的数字化建设，绝大多数医学期刊已经逐步建成了稿件在线处理、、数据库出版以及集成了各类资源与服务的网络出版平台。但在出版机制和经营机制方面仍存在一定局限性。

1出版内容和时效的局限性

传统的数字出版还只是限于将纸版的内容“照搬”到网络上，因此数字出版的内容和时间必然受限于纸版的编排和版面，网络和数字化的快速传播优势难以发挥，不能满足作者学术成果的及时、首发权注册、读者及时获取与应用最新成果的需求，新观点、新思想不能及时传播。除此之外，由于纸质出版的信息量小，表现形式单一，因此也限制了数字出版的信息量和表现形式，可共享和利用的知识不足，不能充分满足学术交流和作者充分表达与论证新思想、新观点的需要，不能满足审稿人对科学性、可靠性、客观性的评审需求，不能满足读者研究型学习、深度学习的需要。

2创新机制局限性

传统的论文作者署名方式与个人创新贡献不能关联，不能记录和注册协同研究的过程，合作者在研究过程中的学术贡献、阶段性成果、微成果无法显现，制约合作研究的积极性和协同工作整体创新能力的提升。

3盈利能力局限性

纸质期刊杂志有一把无形的保护伞，就是它的成本和售价。针对不同的受众读者，不同的期刊杂志有自己的价位，但杂志的价格都控制在读者可以接受的范围之内。人们不会为了一本杂志的价钱而改变自己多年的阅读习惯，再者纸质媒介有它本身的优点，这已经被历史和生理心理现象所证明。然而科技是可以改变任何习惯的，当更高级的阅读器材和电子媒介被普及之后，大量深度资料和高质量信息被应用到数字出版中后，纸刊、数字刊发行不统一的矛盾愈加突显，机构用户为了节约订阅、存储、管理经费和馆藏设施而大幅削减纸刊，个人用户也因为网络资源丰富甚至免费不再订阅纸刊，这些导致了纸刊发行量持续下降，而数字刊的价格却往往无法与其价值相匹配，价格很低。

4经营模式局限性

全文数据库、全文下载收费经营模式与期刊OA出版、OA传播相矛盾。一种期刊既OA又收费，用户难以接受，这是一种不可持续的经营模式。OA出版是一种创新的、独立的经营模式，也是部分作者谋求“发声”和“引领”的客观需求。