实施创新驱动发展，就是要使市场在资源配置中起决定性作用，破除一切制约创新的思想障碍和制度藩篱，激发全社会创新活力和创造潜能，提升劳动、信息、知识、技术、管理、资本的效率和效益。科技期刊实施创新驱动发展，首先要突破束缚发展的体制障碍，实现将体制创新作为重中之重。党的十八大报告提出，要着力构建以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的创新体系。受计划经济体制的影响，我国科技期刊主要由高等院校、科研院所和科技社团等事业单位主办，部门分割，条块分割，绝大多数期刊出版规模小而散、经营能力和影响力弱，缺乏市场主体和创新主体，难以同拥有现代企业制度的国际出版公司抗衡。伴随我国全面深化体制改革的进程，科技出版体制的改革成为最后需要攻克的堡垒。

2011年5月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于深化非时政类报刊出版单位体制改革的意见》，从提高我国出版业整体实力和竞争力的高度，强调深化出版单位体制改革的重要性，并对此进行了具体部署：一是整合出版资源，培育导向正确、主业突出、实力雄厚、核心竞争力强的大型报刊传媒集团公司；二是走内涵式发展道路，形成一批专、精、特、新的现代报刊出版企业。

2012年7月，原新闻出版总署下发了《关于报刊编辑部体制改革的实施办法》，提出通过改革，破解报刊业“小、散、滥”的结构性弊端，实现报刊业转型和升级，增强报刊出版传播能力，并对科研部门和高等学校主管主办的科技期刊和学术期刊的改革提出了具体实施办法：①将现有科技期刊和学术期刊编辑部并入新闻出版传媒企业；②对其中具备建立报刊出版企业条件的，可转为期刊出版企业；③创办多种科技期刊和学术期刊编辑部可实行整体转企改制，组建专业性期刊出版传媒集团公司；④对于在国家基础学科和前沿学科中具有领先水平、能代表国家学术水准的，并入新闻出版传媒企业或转为期刊出版企业。条件不成熟的重点科技期刊和学术期刊，可暂时保留编辑部，但要建立由科研部门分别编辑、出版企业统一出版发行的运行模式，依托大型新闻出版传媒集团公司搭建学术出版经营平台。

上述改革的关键内容就是要将科技期刊的事业单位性质转变为企业，建立市场竞争机制，充分发挥市场在资源配置中的决定作用，重塑市场主体和创新主体。虽然由于历史和现实原因，我国科技出版业与市场分割久远，转变为企业的困难和难度较大，但不能以此否定改革的必要性与紧迫性，回避和观望都会错失时机，贻误创新和发展。应当理直气壮地坚持市场是资源配置的最有效手段，企业是创新主体的思想，积极推进科技期刊转企改制进程，建立充满活力和创新力的现代出版企业制度，完善企业法人治理结构，打造创新主体，推动科技期刊创新驱动发展。科技期刊出版企业应积极将期刊的出版、发行和经营活动纳入市场经济轨道，推动期刊的企业化、集约化、集群化和集团化经营发展，促进科技期刊出版的创新驱动发展。