1完整性、一致性

逻辑性和一致性问题是稿件中常见的问题，作者在写文章时往往只关注到文章的结构，容易忽略语言的完整性，如一些语句缺少主语或宾语等。关于一致性问题，如摘要、正文、结论相一致，图表和正文信息相一致，数值的前后一致等。例如摘要中提到“海洋芽孢杆菌属Oceanobacillus（8.94%）”，正文中为“海洋芽孢杆菌属Oceanobacillus（8.03%）”。

2图文格式、写作规范

在编辑加工之前，拟采用的稿件虽然已经通过同行专家评审，但在图文格式、写作规范等方面千差万别，在退修时，稿件上修订标记与批注比比皆是。

3英文、参考文献

为了提高期刊的国际影响力，《微生物学通报》从通过终审的稿件中选取水平较高的稿件送特邀国外专家润色英文。部分文章标题概括不精准、语句表述不清等，需要请作者修改。参考文献的书写更是五花八门，也存在文献重复引用和引用不当等问题。