按目录分类，可以分为医学中文核心期刊，医学科技核心期刊和普通期刊（国家级和省级期刊）其中医学中文核心期刊250本，停刊一本；医学科技核心期刊996本（有和中文核心期刊重复的期刊）普通期刊未做统计；

一、中文核心期刊

1.综合医药卫生

2.预防医学、卫生学类

3.中国医学类核心期刊

4.基础医学类核心期刊

5.临床医学类核心期刊

6.内科学类核心期刊

7.外科学类核心期刊

8.妇产科学类核心期刊

9.儿科学类核心期刊

10.肿瘤学类核心期刊

11.神经病学与精神病学类核心期刊

12.皮肤病学与性病学类核心期刊

13.耳鼻咽喉科学类核心期刊

14.眼科学类核心期刊

15.口腔科学类核心期刊

16.特种医学类核心期刊

二、科技核心期刊

中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊，是经过严格的定量和定性分析选取的各个学科的重要科技期刊。

1.科技核心期刊目录

2.癌变·畸变·突变

3.癌症

4.癌症进展

5.安徽医科大学学报

6.安徽医学

7.安徽医药

8.安徽中医学院学报

三、国家级医学期刊

如：中国妇幼卫生杂志、中国卫生工程学、中国食品药品监管、中医临床研究、中国真菌学杂志、磁共振成像

四、省级医学期刊

如：广东牙病防治、北京口腔医学、口腔生物医学、肝博士、生物医学工程学进展