不同学科之间的期刊IF值差异巨大，在科技评价、绩效奖励和职称评定过程中，以期刊的IF值作为唯一标准是不公平的，因此期刊分区也成为了评估标准之一。

SCI期刊分区有两种，即JCR公布的期刊分区和中科院公布的国内版期刊分区。

1)JCR分区将各大期刊按176个不同学科进行分类，在每个学科内，再对期刊的影响因子从大到小进行排名。最后，再按四分法，将该学科内的SCI期刊划分成4个分区。影响因子排名前25%的期刊为Q1区，排名25%~50%的期刊为Q2区，50%~75%的期刊为Q3区，最后的25%为Q4区。

2)中科院期刊分区，则将所有SCI期刊按物理、化学、生物、数学、工程等共13个学科大类进行划分，然后在每个学科内再同样按影响因子进行排名。影响因子排名前5%的期刊归类为1区，6%~20%的期刊为2区，21%~50%的期刊为3区，51%~100%的期刊为4区。

大部分高校和科研单位都采用中科院的分区，有些单位有自己定制的分区。显然中科院的1区和2区杂志很少，杂志质量相对也高，基本都是本领域的顶级期刊。由于汤森路透期刊分区中Q1范围的期刊数量多于中科院分区表中的1区期刊，所以有的人发表的论文按汤森路透期刊分区标准算一区，而按中科院分区算2区甚至三区。